
Bij het Museon staat samenwerking hoog in het vaandel. Binnen Ecsite en VSC werkt het museum samen met science centra en en andere musea op het gebied van wetenschap en techniek. Met volkenkundige musea werkt het Museon samen binnen de SVCN, met natuurhistorische musea binnen de Stichting Nederlandse Natuurhistorische Collecties en met de oorlogs- en verzetsmusea binnen het collectie-overleg Nederlandse oorlogs- en verzetsmusea en herinneringscentra. Naast deze formele samenwerkingsverbanden voert het Museon in samenwerking met anderen geregeld projecten uit, van grote tentoonstellingsprojecten tot Europese onderzoeksprojecten op ICT-gebied.